Ankara
Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Can Alkan, Horizon Europe "çığır açıcı teknolojiler" programından, virüs, bakteri ve insanoğlu genomu dizi analizini seyyar cihazlarla az maliyetle yaparak çabuk teşhis olanağına imkân sağlayacak geleceğin teknolojisi düşüncesince 3 milyon Avro bağış desteği aldı.
"BioPIM-Biyoenformatik Algoritmaları düşüncesince Bellekte İşleme Mimarileri ve Programlama Kütüphaneleri" isminde projede 4 ülkeden 7 araştırı grubunun toprak almış bulunduğu arsıulusal konsorsiyumun koordinatörü seçilen Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Can Alkan, AA muhabirine açıklamalarda bulundu.
Genom dizi analizini çabuklaştırma ve ucuzlatma potansiyeline cemaat teknolojiyi imar etmek düşüncesince Horizon Europe programından 3 milyon Avro dayanaklık etmek aldıklarını kail Alkan, şu detayları verdi:
"Proje, Horizon 2020 programının devamı niteliğindeki AB'nin araştırı ve inovasyon programı Horizon Europe programı kapsamında, Bilkent Üniversitesi'nin ilk bağış desteği. Proje, Avrupa İnovasyon Konseyi'nin araştırı ekiplerine 'çığır açıcı indinde teknolojiyi muayeneleri yahut geliştirmeleri' düşüncesince dayanaklık etmek sunan EIC Kılavuz (Pathfinder) programı kapsamında desteklendi."
14 senedir üstünde çalışıyorlardı
Projelerinin dayanaklık etmek almaya adalet kazandığını, fakat bu projeye başvurudan geçmiş ülke dışı ortaklarla bu husus üstünde 14 senedir düzentileme yaptıklarını, bellekte el işi teknolojileri üstünde arsıulusal yayınlarının bulunduğunu özetleyen Alkan, "Bilgisayar belleklerinde (RAM) el işi teknolojisi dünyada da aşırı yeni, halen geliştiriliyor. Şu anda gidip indinde yerden satın alabileceğiniz indinde uygulayım bilimi de değil. Bu acemi teknolojide, işlemcide yapılabilecek işlemlerin indinde kısmı, hafızanın üstünde ek indinde devir ile yapılabiliyor. Bu uygulayım bilimi düşüncesince kimi iri şirketlerle ortaklaşa iş de yapıyoruz." diyerek konuştu.
Biyoenformatikte çoğunlukla makbul algoritma ve data yapıları ile acemi büyümekte bulunan bellekte el işi teknolojilerini baş başa tasarlamaya odaklanacaklarını ve genom dizi analizinde maliyet, erke ve devir tasarrufu açısından en erdemli faydayı elde etmeyi hedeflediklerini bildiren Alkan, "BioPIM projesi, dokunmabana karışma peyda etmek kıl payı hastalıklara illet bulunan mutasyonların keşfi, metagenomik, kişi genetiği ve mukayeseli genomik analiz, transkriptom profilleme ve Kovid-19, Ebola ve Zika derece müstevli rahatsızlıkların takip edeni karışma peyda etmek kıl payı topu topu genom ve transkriptom çalışmalarını etkilemeyi amaçlıyor." ifadesini kullandı.
5-10 dakika ortamında Kovid-19 değişke tespiti
Can Alkan, topu topu insanoğlu genomu dizilemesinin ve dizi analizinin bu zamanlarda indinde dü gündüz sürebildiğine dikkati çekerek, şu halde bitmeme etti:
"Geliştirmeye başladığımız uygulayım bilimi ile genom dizi analizini mobil bilgisayarlarda aşırı elan çabuk gerçekleştirmek kıl payı yola çıktık. Yeni uygulayım bilimi ile Kovid-19, Ebola ve Zika derece müstevli rahatsızlıkların takip edeni ve tanısından kalıtım bilimi hastalıklara illet bulunan mutasyonların keşfine derece topu topu genom çalışmalarının, familya hekimlerine, havaalanlarına ve sunuculara erişimin çetince bulunduğu sahalara derece yaygınlaştırılmasını hedefliyoruz. Kovid-19 örneğini ele alırsak, burundan tahsil edilen örnekle virüsün RNA'sını nanopore isminde cihazla okurken elde edilmiş verileri geliştireceğimiz cihazda, eşzamanlı adına analiz ederek koyacağız, 15 dakika sonraları gen dizilimi dalında akıbet alacağız. misal tahsil edilen hastada Kovid-19 adına enflüanza derece bambaşka indinde virüsün bulunması yerinde bu ayrımı da yapabileceğiz. Bu cihazla gen dizi analizleri ile teşhis süreci bu 5-10 dakikaya düşebilecek. Böylece virüsün ilk çıkmış bulunduğu andan sonraları değişime uğramış bulunduğu varyantları da aşırı çabuk halde belirleme etmeyi hedefliyoruz."
Maliyet 15-20 bin dolardan 500-600 dolara düşecek
Can Alkan, amaçlarının derinlemesine devam eden genom dizi analizlerini elan ıvır zıvır seyyar cihazlarda elan çabuk ve elan az cazibe harcayarak gerçekleştirmek olduğuna ayraç ederek, insanoğlu genomu araştırmalarında da yüzdelik 50 dolayında cazibe tasarrufu sağlamayı hedeflediklerini söyledi.
Virüs araştırmalarında ise topu topu genom çalışmalarının, familya hekimlerine, havaalanlarına ve sunuculara erişimin çetince bulunduğu sahalara derece yaygınlaştırılmayı amaçladıklarını bildiren Alkan, "Hatta okulların revirlerinde güçlü olabilir. Burada amacımız, maliyetleri de düşürmek. Şu anda indinde ferdin insanoğlu genomunun dizi analizini gerçekleştirmek için, 15-20 bin dolarlık anonsör ile indinde hafta müddet harcanıyor. Bunun adına 500-600 dolarlık ıvır zıvır seyyar cihazlarla elan çabuk halde bu analizleri yapabilir duruma getirmeyi planlıyoruz." diyerek konuştu.
Cihazın prototipinin ihya süreci 4 yıl
Alkan, teknolojilerinin Kovid-19 derece müstevli hastalıklara etmen bulunan virüs ve bakterilerin tanısı üstünde ne derece tadilat yapacağına bağlı şu detayları verdi:
"Boğaz ve ya burundan tahsil edilen enfeksiyon örneklerinin tanılaması bu zamanlarda saatler ayrıca eyyam sürerken hapaz içi derece bulunan nanopore aleti bir-iki bugün bünyesinde bundan böyle genom dizisini veriyor. Ancak bu dizinin anlamlandırılması düşüncesince fiyatlı sunucularda indinde dü bugün analiz edilmesi gerekiyor. Bizim geliştirmeyi önerdiğimiz sistemde özelleştirilmiş devir tasarımları ile bellekte işleyerek virüsün, bakterinin şekli üstünde detayları vermeyi amaçlıyoruz. Bu uygulayım gelişigüzel çeşit dizi analizine uygulanabileceği düşüncesince kalıtımsal ve ender rahatsızlıkların tanısı düşüncesince de kullanılabilir fakat az buçuk elan derinlemesine sürecek indinde işlem. Virüs varyantları da aşırı hızı halde belirleme edilebilir. SMA derece eşsiz rahatsızlıkların da tanısı düşüncesince maliyet ve devir tasarrufu da sağlanabilir."
Projenin 4 sene süreceğini tamlayan Alkan, "Farklı devletlerde 7 ayrı grup, plan düşüncesince çalışıyor. Türkiye'den de projenin yaşama geçmesi düşüncesince acemi araştırmacılarla çalışıyoruz. 4 sene sonraları topu topu familya hekimlerinde bu maşa olacak diyemem lakin en azından ilk örnek evresini tamamlamış olacağımıza inanıyorum." dedi.
Doç. Dr. Can Alkan, geliştirmenin peşi sıra plan ekibinde de toprak meydan UPMEM ve IBM derece dü ayrı uran kuruluşu ile istihsal döneminin de olacağını laflarına ekledi.
